Toussaint ließ sich - gleich Napoleon - zum Gouverneur auf Lebenszeit ernennen. Frankreich war zwar das Mutterland der Kolonie, die Insel hatte aber eine eigene Verfassung, die ihr absolute Autonomie und der französischen Regierung keine Möglichkeit zur Einflussnahme auf die Innenpolitik gab. Der selbstbewusste Freiheitskämpfer wurde Napoleon langsam ein Dorn im Auge. Letzterer entsandte schließlich ein Expeditionsheer, um den Revolutionär dingfest zu machen. Toussaint wurde verhaftet und nach Frankreich verschifft. Napoleon ließ ihn in
Fort de Joux, im französischen Jura, einkerkern. Dort starb Toussaint L'Ouverture am
17. Germinal XI.